وب سرور ویندوز IIS و وب سرور لینوکس Apache می باشد، سیستم عامل هایویندوز معمولاً گرانتر از سیستم عامل های لینوکس هستند، چراکه سیستم عامل هایویندوز open source نمی باشند و استفاده از آنها مستلزم خرید لیسانس (license) ویندوز سرور از مایکروسافت می باشد، ضمن اینکه معمولاً سرورهای ویندوز قابلیت بیشتری دارند و پشتیبانی از محصولات Microsoft بر روی این وب سرورها یک حسن محسوب می شود. اما سیستم عامل لینوکس open source و رایگان می باشد و برای استفاده از آن نیازی به پرداخت حق لیسانس نیست، سیستم عامل لینوکس معمولاً دارای ثبات و امنیت بیشتری نسبت به سرورهای ویندوز هستند و کمتر در معرض تهدید قرار می گیرند. البته با در نظر گرفتن تمامی مسائل امنیتی بر روی هر دو سیستم، امنیت هر دو پلتفورم تضمین شده است.
در بحث مقایسه هاستینگ لینوکس وهاستینگ ویندوز می توان گفت:
در کل سیستم عامل های ویندوز و لینوکس با توجه به هدف کاربران از داشتن وب سایت و برنامه ای که برای آن سایت در نظر دارند از هم متمایز می شوند.
با توجه به هدف و با توجه به زبان برنامه نویسی سایت خود نسبت به انتخاب هاست ویندوز و یا لینوکس اقدام کنند.
تفاوت دیگر هاست های لینوکس و ویندوز در وب سرور است. وب سرور ويندوزIIS و وب سرور لينوکس Apache است.
از تفاوت های دیگر می توان به قیمت اشاره کرد. هاست ویندوز قیمت بیشتری نسبت به هاست لینوکس دارد.